1946 marca el inicio de la actividad de las divisiones juveniles, las cuales se formarían con jugadores de los clubes del barrio sobre todos de aquellos que estaban sobre lo que hoy se conoce como barrio «La Isla», equipacion barça 2022 en aquel momento Jardines de La Teja. Desciende en 1962, pero nuevamente milita un solo año en Intermedia al obtener el título de 1963. Sucede exactamente lo mismo en el descenso de 1974 y retorno inmediato en 1975. En 1976 vuelve a descender y esta vez necesitó 2 temporadas para poder regresar, obteniendo el título de 1978. Sumando los campeonatos de 1938 y 1939 (cuando la Intermedia era la segunda categoría) era la sexta vez que Progreso obtenía el título de campeón de Intermedia (estos 2 últimos como Primera División «C»).
