Sus rivales fueron el Atlético Tetuán, RCD Español, Real Oviedo, Real Zaragoza y Granada CF. Tras eliminar a Celta y Racing de Santander los donostiarras se enfrentaron en semifinales al Real Madrid. En 2000, Santa Cruz fue seleccionado para representar al equipo nacional de fútbol sub-23 de Paraguay en el Torneo Pre-Olímpico 2000 CONMEBOL de Hombres en Brasil, que vio a Paraguay fuera para los Juegos Olímpicos de 2000. Él apareció en cuatro partidos en el torneo, contra Argentina, Uruguay, Bolivia, y Perú, anotando un doblete contra este último.
